Das KlassikEnsembleKiel wurde Ende 1998 von den Ärzten Gunther Strothmann und Michael Stoll gegründet. Strothmann leitet es seitdem, bis 2006 hatte Stoll als Konzertmeister maßgeblichen Anteil an der musikalischen Ausgestaltung. Beide haben mit zahlreichen Mitgliedern des Ensembles über viele Jahre hinweg in anderen Ensembles musiziert, u. a. im Sinfonieorchester Melsdorf und dem Kleinen Orchester Kiel. Nach dem berufsbedingten Ausscheiden von Michael Stoll aus dem Orchester hat Hartmut Laue die Funktion des Konzertmeisters übernommen.

Das KlassikEnsembleKiel trat erstmals am 20. Februar 1999 in der Kieler St. Nikolai-Kirche auf. Es bestand damals und besteht auch heute noch fast ausschließlich aus qualifizierten, hoch motivierten Amateurmusikern. Die Musiker stammen aus Schleswig-Holstein, Hamburg, Lübeck und Mecklenburg-Vorpommern.

Das KlassikEnsembleKiel erarbeitet in drei bis vier Probenphasen pro Jahr jeweils ein Konzertprogramm, das konzentrierten Proben einstudiert wird. Dies ermöglicht auch auswärtigen Mitgliedern die Teilnahme, für die durchgängig probende Ensembles nicht in Frage kommen.